Pengadilan Agama Tarakan dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 76 Tahun 1983 tanggal 10 November 1983. Dalam menjalankan tugasnya, PA Tarakan berpedoman pada:

• UUD 1945: Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945.
• UU No. 4 Tahun 2004: Tentang Pokok-Pokok Kekuasaan Kehakiman.
• UU No. 5 Tahun 2004: Perubahan atas UU No. 14 Tahun 1985 tentang Mahkamah Agung.
• UU No. 1 Tahun 1974: Tentang Perkawinan.
• UU No. 43 Tahun 1999: (jo. UU No. 8 Tahun 1974) Tentang Pokok-Pokok Kepegawaian.
• UU No. 3 Tahun 2006: (jo. UU No. 7 Tahun 1989) Tentang Peradilan Agama.
• KMA No. 303 Tahun 1991: Tentang Susunan Organisasi & Tata Kerja Kesekretariatan.
• KMA No. KMA/004/SK/II/1991: Tentang Susunan Organisasi & Tata Kerja Kepaniteraan.